Hinspiele am 12/13 und Rückspiele am 26/27 August 2008.
Paarungen:3. Qualifikationsrunde
Famagusta/Rapid Wien – Olympiakos Piräus
Vitoria Guimaraes – IFK Göteborg/FC Basel
Schachtjor Donezk – NK Domzale/Dinamo Zagreb
FC Schalke 04 – Atletico Madrid
Aalborg BK/FK M. Maksima – Glasgow Rangers/FBK Kaunas
FC Barcelona – Beitar Jerusalem/Wisla Krakow
Levski Sofia – RSC Anderlecht/BATE Borisov
Standard Lüttich – FC Liverpool
Inter Baku/Partizan Belgrad – Fenerbahce/MTK Budapest
FC Twente – FC Arsenal
Spartak Moskau – Drogheda United/Dynamo Kiew
Juventus Turin – Tampere United/A. Petrzalka
Brann Bergen/FK Ventspils – Olympique Marseille
AC Florenz – Slavia Prag
Galatasaray – Steaua Bukarest
Panathinaikos/Dinamo Tiflis – Sheriff Tiraspol/Sparta Prag
Endrunde – Gruppenphase 16.09./10.12.2008
Achtelfinale 24.02./11.03.2009
Viertelfinale 07.04./15.04.2009
Halbfinale 28.04./06.05.2009
Endspiel in Rom 27.05.2009